Le Grotte Vaticane sono parte integrante dello spazio sacro della Basilica e sono ubicate tra il pavimento della basilica costantiniana e quello attuale. Esse constano di due parti: un peribolo semianulare sul quale si aprono la cappella Clementina o di San Pietro, quattro cappelle angolari in corrispondenza dei piloni della crociera e diverse cappelle mariane di varie epoche e nazioni. Nelle Grotte primeggia il luogo della Tomba di Pietro, che, insieme alle sepolture di numerosi Pontefici suoi successori, è meta ogni giorno di continue visite e pellegrinaggi. Tra le sepolture dei Papi si ricordano le tombe di Pio XII Pacelli (1939-1958), di Paolo VI Montini (1963-1978), di Giovanni Paolo I Luciani (1978) e del Servo di Dio Giovanni Paolo II Woityla (1978-2005).
 
Quasi una grande cripta sotterranea con un forte richiamo alla devozione e alla fede, le Grotte sono anche il “luogo della memoria”, dove sopravvive il ricordo della venerata e perduta basilica costantiniana, della quale si conservano pochi ma significativi resti, insieme a molte testimonianze delle trasformazioni medioevali e rinascimentali. Nelle Grotte, infatti, il papa Paolo V Borghese (1605-1621) fece dipingere al pittore Giovan Battista Ricci da Novara (1540 ca.-1627) vedute e monumenti dell’antica Basilica, che proprio in quegli stessi finiva di essere demolita per il prolungamento del nuovo Tempio Vaticano. Per volontà dello stesso pontefice si esposero nelle Grotte, come reliquie della perduta chiesa, statue, mosaici, dipinti e iscrizioni: disiecta membra di antichi monumenti e sepolcri. Nasceva allora una sorta di “museo” ante litteram con allestimenti di gusto antiquario e iscrizioni didascaliche su marmo. Alla stessa epoca risale la prima guida su questi venerati spazi, scritta da Francesco Maria Torrigio (1580-1650) e pubblicata a Viterbo nel 1618.